Это действительно зависит от того, какого рода приложение вы пишете. Для многих ответом будет старый добрый C/C++ (если вы разрабатываете, скажем, Qt или GTK+ GUI). Многие, кто разрабатывает GTK+, могут также использовать Python + PyGTK. Если вы занимаетесь разработкой веб-сайтов или веб-сервисов, вы увидите много Ruby, Python, PHP и Java.
Прикрепляю к посту несколько видео по теме: