Я думаю, что несоответствие объектно-реляционного импеданса является большой проблемой. ОО не является реляционной. Например, где в реляционной теории описывается наследование. Также есть более мелкие (но большие проблемы), например, если язык программирования не поддерживает нулевые типы. Как вы сопоставите это с нулевым столбцом в базе данных?
Рекомендую посмотреть эти видео для лучшего погружения в вопрос: