Приложение на python с несколькими моделями/контроллерами
Паттерн MVC обычно представлен одним контроллером, одной моделью и несколькими представлениями. Это упрощенное представление:
компонент модели обычно состоит из множества различных классов, а иногда даже из нескольких подмоделей.
оригинальный MVC планировался для групп контроллер+представления, связанных с несколькими моделями.
Поэтому нет ничего плохого в том, чтобы рассматривать несколько моделей или несколько файлов моделей.
То, как вы организуете файлы исходного кода, ортогонально архитектуре. С одной стороны, вы можете хранить все компоненты в одном файле (я бы не советовал). С другой стороны, вы можете иметь отдельный файл для каждого класса (это даже требуется в некоторых языках) и группировать файлы в подкаталогах, например, по компонентам. Так что ваш подход вполне нормален.
Рекомендую посмотреть эти видео для лучшего погружения в вопрос: